Tình hình tại GOTHAM đang trở nên căng thẳng hơn bao giờ hết, khi những tên Siêu Tội Phạm trở nên tham vọng và suy đồi hơn, và một sự thay đổi trong các liên minh đã làm nóng lên cuộc chiến tranh giành quyền lực tại thành phố Gotham. Thanh tra Jim Gordon (Ben McKenzie) và viên thanh tra nửa chính nửa tà Harvey Bullock (Donal Logue) đứng ở tiền tuyến của cuộc chiến chống lại tội ác trong thành phố đầy mục ruỗng này. Trong phần 2 của phim, kim chỉ nam đạo đức của Gordon lung lay khi anh đối mặt với những tên tội phạm nguy hiểm nhất tại Gotham. Cùng lúc đó, anh phải tiếp tục sứ mệnh giành lấy sự tin tưởng của Bruce Wayne trẻ tuổi (David Mazouz thủ vai), người đang trên con đường đến với định mệnh, sau khi phát hiện ra bí mật sâu kín nhất của cha mình. Trong trận thư hùng xảy ra vào tập cuối của phần 1, Oswald Cobblepot với biệt danh Chim Cánh Cụt (Robin Lord Taylor thủ vai) đã giành lấy quyền chi phối thế giới ngầm của Gotham. Sang phần 2, GOTHAM sẽ tiếp tục theo chân những tên tội phạm khét tiếng nhất thành phố: Edward Nygma/Kẻ Thách Đố (Cory Michael Smith), vốn là chuyên gia pháp y của sở cảnh sát giờ trở thành một tên tội phạm tâm thần; Selina Kyle/Miêu Nữ trong tương lai (Camren Bicondova), vì sinh tồn mà bị đưa đẩy vào cuộc đời tội phạm; và Barbara Kean (Erin Richards) ngày càng bất ổn. GOTHAM còn có những tên tội phạm mới, trong đó có Tên Hề and và Ngài Băng Giá.
